Issu d’une vieille famille juive alsacienne, il fit des études de médecine à Strasbourg, puis se spécialise dans les services infantiles des hôpitaux parisiens. En 1932, il ouvre un cabinet de pédiatre et dirige le service de nourrissons de l’hôpital Beaujon. Démobilisé en 1940 à Pau, la famille s’installe à Béziers.
L’OSE, basée à Montpellier, lui confie l’organisation d’un service médico-social pour les populations juives réfugiées dans l’Hérault et les départements limitrophes. Il est également chargé des visites au camp de ressortissants étrangers d’Agde. En 1941, il est nommé inspecteur médical des maisons d’enfants de l’OSE et directeur de la pouponnière de Limoges (Haute-Vienne).
Après les rafles des Juifs étrangers d’août 1942, il organise un centre clandestin de placement d’enfants dans des familles d’accueil de l’Indre. Recherché par la Gestapo, Gaston Lévy et sa famille passent clandestinement la frontière suisse à Collonges. Il est chargé par les autorités suisses de la surveillance médicale des homes de femmes et de nourrissons de La Rosiaz à Lausanne, puis de Mirabeau/Clarens et de Glion, en Suisse romande. Ses liens avec l’OSE s’arrêtent après la guerre.
Gaston Lévy émigre en Israël en 1972.